Sept îles principales—La Maddalena, Caprera, Santo Stefano, Spargi, Budelli, Razzoli et Santa Maria—s'élèvent au-dessus d'eaux qui passent du cobalt à la menthe selon la profondeur et la composition du sable. Le parc fut la première réserve géo-marine d'Italie, établie après que des décennies d'usage naval ont laissé Caprera et Santo Stefano accessibles uniquement sur permis. Aujourd'hui, les zones de mouillage sont ouvertes aux navires commerciaux et privés sous des règles strictes appliquées par les gardes du parc stationnés sur chaque île habitée.
Une excursion en bateau à La Maddalena part généralement du quai de Banchina Medaglie d'Oro dans le port principal, où les opérateurs assurent des circuits quotidiens entre mai et octobre. La plupart des itinéraires suivent une route dans le sens des aiguilles d'une montre : vers l'ouest jusqu'à Spargi pour un arrêt baignade à Cala Corsara, vers le nord jusqu'à Budelli pour observer la Spiaggia Rosa clôturée depuis le large, puis vers le sud à travers le canal du Passo degli Asinelli jusqu'à Santa Maria et un mouillage pour le déjeuner à Cala Santa Maria. La plage rose, autrefois le rivage le plus photographié de Sardaigne, est interdite au passage des piétons depuis 1998 après que des visiteurs ont retiré environ douze tonnes de sable de quartz rose. Les bateaux restent désormais à trente mètres au large pendant que les guides expliquent l'algue Miniacina qui teinte les grains. Spargi, en revanche, reste une zone de débarquement désignée, ses plages de Cala Conneri et Cala Granara étant entretenues selon des limites de capacité surveillées par des compteurs infrarouges installés en 2021.
Caprera occupe le quart oriental de l'archipel et abrite le Compendio Garibaldino, la ferme en pierre où Giuseppe Garibaldi a passé ses vingt-six dernières années. L'île est restée une zone militaire restreinte jusqu'en 1982, date à laquelle la marine italienne a libéré sa base sous-marine et transféré la moitié nord à l'autorité du parc. Les visiteurs effectuant des excursions en bateau à La Maddalena en Sardaigne plus longues peuvent demander un débarquement guidé à Cala Coticcio, une double crique surnommée Tahiti pour sa palette caribéenne, bien que les permis soient limités à soixante personnes par demi-journée. Le granit y est d'origine varisque, formé il y a 300 millions d'années et façonné par le vent en tafoni—des cavités en nid d'abeille qui résonnent lorsqu'on les frappe.
Les opérateurs partant de Palau, Cannigione et Porto Cervo proposent des itinéraires similaires mais ajoutent une traversée des Bouches de Bonifacio, le détroit de onze kilomètres où la compression des marées accélère les courants jusqu'à quatre nœuds. Si la météo le permet, ces excursions en bateau à La Maddalena au départ de Palau incluent un passage sous les falaises de Punta Tegge sur la face nord de Spargi, une chute verticale prisée par les faucons pèlerins et les grimpeurs. Les circuits d'une demi-journée se concentrent sur la triade occidentale—Spargi, Budelli et Santa Maria—tandis que les excursions d'une journée complète ajoutent Santo Stefano et un arrêt plongée en apnée à la Secca di Washington, un pinacle submergé qui s'élève jusqu'à trois mètres sous la surface et attire des mérous, des poulpes et des bancs de barracudas saisonniers.
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