Sette isole principali — La Maddalena, Caprera, Santo Stefano, Spargi, Budelli, Razzoli e Santa Maria — emergono da acque che variano dal cobalto al verde menta a seconda della profondità e della composizione della sabbia. Il parco è stata la prima riserva geo-marina d'Italia, istituita dopo che decenni di utilizzo navale avevano reso Caprera e Santo Stefano accessibili solo su permesso. Oggi gli ancoraggi sono aperti alle imbarcazioni commerciali e private sotto rigorose regole di ormeggio fatte rispettare dai guardiaparco di stanza su ogni isola abitata.
Un tour in barca a La Maddalena parte solitamente dal molo di Banchina Medaglie d'Oro nel porto principale, dove gli operatori gestiscono circuiti giornalieri tra maggio e ottobre. La maggior parte degli itinerari segue un percorso in senso orario: verso ovest a Spargi per una sosta bagno a Cala Corsara, verso nord a Budelli per osservare la recintata Spiaggia Rosa dal largo, poi verso sud attraverso il canale del Passo degli Asinelli fino a Santa Maria e un ancoraggio per il pranzo a Cala Santa Maria. La spiaggia rosa, un tempo il litorale più fotografato della Sardegna, è chiusa al transito pedonale dal 1998, dopo che i visitatori avevano rimosso circa dodici tonnellate di sabbia di quarzo rosa. Le barche ora sostano a trenta metri dalla riva mentre le guide spiegano l'alga Miniacina che tinge i granuli. Spargi, al contrario, rimane una zona di sbarco designata, con le spiagge di Cala Conneri e Cala Granara mantenute entro limiti di capacità monitorati da contatori a infrarossi installati nel 2021.
Caprera occupa il quarto orientale dell'arcipelago e ospita il Compendio Garibaldino, la casa colonica in pietra dove Giuseppe Garibaldi trascorse i suoi ultimi ventisei anni. L'isola è rimasta una zona militare interdetta fino al 1982, quando la Marina Militare ha lasciato la base sottomarina e trasferito la metà settentrionale all'autorità del parco. I visitatori che effettuano tour in barca a La Maddalena più lunghi possono richiedere uno sbarco guidato a Cala Coticcio, una doppia insenatura soprannominata Tahiti per la sua tavolozza caraibica, sebbene i permessi siano limitati a sessanta persone per finestra di mezza giornata. Il granito qui è di origine variscanica, formato 300 milioni di anni fa e modellato dal vento in tafoni — cavità a nido d'ape che risuonano se colpite.
Gli operatori che partono da Palau, Cannigione e Porto Cervo offrono percorsi simili ma aggiungono l'attraversamento delle Bocche di Bonifacio, lo stretto di undici chilometri dove la compressione delle maree accelera le correnti fino a quattro nodi. Tempo permettendo, queste partenze dei tour in barca a La Maddalena da Palau includono un passaggio sotto le scogliere di Punta Tegge sulla faccia settentrionale di Spargi, una parete verticale prediletta dai falchi pellegrini e dagli scalatori. I circuiti di mezza giornata si concentrano sulla triade occidentale — Spargi, Budelli e Santa Maria — mentre le escursioni di un'intera giornata aggiungono Santo Stefano e una sosta per lo snorkeling alla Secca di Washington, un pinnacolo sommerso che sale fino a tre metri sotto la superficie e attrae cernie, polpi e banchi stagionali di barracuda.
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