Sieben Hauptinseln – La Maddalena, Caprera, Santo Stefano, Spargi, Budelli, Razzoli und Santa Maria – erheben sich aus Gewässern, die je nach Tiefe und Sandzusammensetzung von Kobaltblau bis Minzgrün wechseln. Der Park war Italiens erstes geomarines Schutzgebiet, das nach Jahrzehnten militärischer Nutzung eingerichtet wurde, durch die Caprera und Santo Stefano nur mit Genehmigung zugänglich waren. Heute sind die Ankerplätze für gewerbliche und private Schiffe unter strengen Regeln zugänglich, die von Parkrangern auf jeder bewohnten Insel durchgesetzt werden.
Eine La-Maddalena-Bootstour startet normalerweise vom Kai Banchina Medaglie d'Oro im Haupthafen, wo Betreiber zwischen Mai und Oktober tägliche Rundfahrten anbieten. Die meisten Routen verlaufen im Uhrzeigersinn: westwärts nach Spargi für einen Badestopp in Cala Corsara, nordwärts nach Budelli, um die eingezäunte Spiaggia Rosa vom Wasser aus zu sehen, dann südwärts durch den Kanal Passo degli Asinelli nach Santa Maria und zum Mittagessen vor Anker in Cala Santa Maria. Der rosa Strand, einst Sardiniens meistfotografierter Küstenabschnitt, ist seit 1998 für den Fußgängerverkehr gesperrt, nachdem Besucher geschätzte zwölf Tonnen Roséquarzsand entfernt hatten. Boote halten nun dreißig Meter vor der Küste, während Reiseleiter die Miniacina-Algen erklären, die den Sand färben. Spargi hingegen bleibt eine ausgewiesene Landezone, deren Strände Cala Conneri und Cala Granara unter Kapazitätsgrenzen verwaltet werden, die durch 2021 installierte Infrarotzähler überwacht werden.
Caprera nimmt das östliche Viertel des Archipels ein und beherbergt das Compendio Garibaldino, das Steinhaus, in dem Giuseppe Garibaldi seine letzten sechsundzwanzig Jahre verbrachte. Die Insel blieb bis 1982 militärisches Sperrgebiet, als die italienische Marine ihren U-Boot-Stützpunkt aufgab und die nördliche Hälfte an die Parkbehörde übertrug. Besucher auf längeren Sardinien-La-Maddalena-Bootstouren können eine geführte Landung in Cala Coticcio anfragen, einer Doppelbucht, die wegen ihrer karibischen Palette „Tahiti“ genannt wird, wobei die Genehmigungen auf sechzig Personen pro Halbtagsfenster begrenzt sind. Der Granit hier ist variszischen Ursprungs, vor 300 Millionen Jahren geformt und vom Wind zu Tafoni geformt – wabenförmige Höhlungen, die bei Berührung klingen.
Anbieter, die von Palau, Cannigione und Porto Cervo abfahren, bieten ähnliche Routen an, ergänzen diese jedoch um eine Überquerung der Bocche di Bonifacio, der elf Kilometer breiten Meerenge, in der die Gezeitenkompression Strömungen auf vier Knoten beschleunigt. Wenn das Wetter es zulässt, beinhalten diese La-Maddalena-Bootstouren ab Palau eine Fahrt unter den Klippen von Punta Tegge an der Nordseite von Spargi, einem vertikalen Abhang, der von Wanderfalken und Kletterern bevorzugt wird. Halbtagstouren konzentrieren sich auf die westliche Triade – Spargi, Budelli und Santa Maria –, während Ganztagesausflüge Santo Stefano und einen Schnorchelstopp am Secca di Washington hinzufügen, einer versunkenen Spitze, die bis auf drei Meter unter die Oberfläche ragt und Zackenbarsche, Kraken und saisonale Barrakudaschulen anzieht.
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