Siete islas principales—La Maddalena, Caprera, Santo Stefano, Spargi, Budelli, Razzoli y Santa Maria—se alzan sobre aguas que cambian de cobalto a menta según la profundidad y la composición de la arena. El parque fue la primera reserva geomarina de Italia, establecida después de décadas de uso naval que dejaron a Caprera y Santo Stefano accesibles solo mediante permiso. Hoy en día, los fondeaderos están abiertos a embarcaciones comerciales y privadas bajo estrictas normas de amarre aplicadas por los guardaparques estacionados en cada isla habitada.
Un tour en barco por La Maddalena suele partir del muelle Banchina Medaglie d'Oro en el puerto principal, donde los operadores realizan circuitos diarios entre mayo y octubre. La mayoría de los itinerarios siguen una ruta en el sentido de las agujas del reloj: hacia el oeste a Spargi para una parada de baño en Cala Corsara, al norte a Budelli para ver la cercada Spiaggia Rosa desde la costa, luego hacia el sur a través del canal Passo degli Asinelli hasta Santa Maria y un fondeadero para almorzar en Cala Santa Maria. La playa rosa, antaño la costa más fotografiada de Cerdeña, ha estado cerrada al tráfico peatonal desde 1998 después de que los visitantes retiraran unas doce toneladas de arena de cuarzo rosa. Los barcos ahora permanecen a treinta metros de la costa mientras los guías explican el alga Miniacina que tiñe los gránulos. Spargi, por el contrario, sigue siendo una zona de aterrizaje designada, cuyas playas Cala Conneri y Cala Granara se mantienen bajo límites de capacidad de carga monitoreados por contadores infrarrojos instalados en 2021.
Caprera ocupa el cuarto oriental del archipiélago y alberga el Compendio Garibaldino, la granja de piedra donde Giuseppe Garibaldi pasó sus últimos veintiséis años. La isla permaneció como zona militar restringida hasta 1982, cuando la Marina italiana desalojó su base de submarinos y transfirió la mitad norte a la autoridad del parque. Los visitantes en itinerarios extendidos de tour en barco por La Maddalena desde Cerdeña pueden solicitar un desembarco guiado en Cala Coticcio, una doble cala apodada Tahití por su paleta caribeña, aunque los permisos están limitados a sesenta personas por ventana de medio día. El granito aquí es de origen varisco, formado hace 300 millones de años y moldeado por el viento en tafoni—huecos en forma de panal que suenan cuando se golpean.
Los operadores que salen de Palau, Cannigione y Porto Cervo ofrecen rutas similares pero añaden un cruce de las Bocche di Bonifacio, el estrecho de once kilómetros donde la compresión de las mareas acelera las corrientes a cuatro nudos. Si el clima lo permite, estas salidas de tour en barco por La Maddalena desde Palau incluyen un paso bajo los acantilados de Punta Tegge en la cara norte de Spargi, una caída vertical favorecida por halcones peregrinos y escaladores de roca. Los circuitos de medio día se centran en la tríada occidental—Spargi, Budelli y Santa Maria—mientras que las excursiones de día completo añaden Santo Stefano y una parada de snorkel en la Secca di Washington, un pináculo sumergido que se eleva hasta tres metros por debajo de la superficie y atrae meros, pulpos y bancos de barracudas estacionales.
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